2009年9月，某镇政府与甲公司签订招商引资项目用地合同书（以下简称“用地合同”），双方约定：镇政府将一宗集体土地（面积78亩，以下简称“案涉土地”）出让给甲公司用于项目建设，使用期限为50年；土地补偿费与出让金共计345万元，合同签订后10日内甲公司支付土地补偿费80万元作为定金，余款按土地证办理比例缴纳；镇政府一年内办完征地及“一书两证”手续。用地合同签订后，甲公司支付定金80万元，镇政府未办理征地等有关手续即交付了案涉土地。随后，甲公司对部分案涉土地进行开发，建设了××商务酒店。2015年，省政府批复同意案涉土地所在区域征收。甲公司一直未办理供地及登记手续。

2017年11月，甲公司与某有限公司（具有房地产开发资质，以下简称“乙公司”）签订《田园乡墅项目合作开发协议》（以下简称“案涉合作协议”）。双方约定：甲公司提供案涉土地与乙公司共同开发乡村高端住宅小区，乙公司作为开发责任主体全权负责项目开发建设，甲公司不参与具体事务；案涉土地及地上建筑物作价4200万元，其中2000万元作为项目出资，2200万元由乙公司在办完用地手续后作为土地补偿支付给甲公司；案涉土地由乙公司通过土地招拍挂出让程序办理用地手续，土地证直接办至乙公司名下，甲公司协助办理规划许可等手续；乙公司承担土地出让金1000万元，超出部分由甲公司承担；项目建成后双方共同负责房屋销售和售房资金监管，每销售一平方米甲公司收取500元（以5500元／平方米为预期价格，若实际售价低于5500元／平方米时，低于部分双方按2∶8的比例扣除）。协议签订后，乙公司支付给甲公司首期土地补偿款200万元。2018年5月，原某县国土资源局发布案涉土地网上挂牌出让公告，乙公司遂以1020万元摘牌并缴纳了1000万元出让金（其余20万元由甲公司缴纳）。2019年6月，乙公司办理了案涉土地的首次登记，取得不动产权证书。

由于乙公司未按约定支付剩余2000万元土地补偿款，甲公司遂诉至人民法院，请求判令乙公司支付土地补偿2000万元及利息。乙公司辩称：案涉合作协议名为合作开发合同，但甲公司只收取固定利益，实质上为土地转让合同，已违反土地管理法律政策，应属无效；镇政府不具有土地征收和出让主体资格，用地合同无效且甲未缴清费用而未实际履行，甲公司自始至终未获得案涉土地的使用权，属于无权处分；案涉土地的国有建设用地使用权是其通过招拍挂出让取得，与甲公司无任何关联。据此，乙公司提出反诉，请求确认案涉合作协议无效、甲公司返还已经收取的土地补偿款200万元及利息。

一审法院经审理认为：甲公司和乙公司在案涉合作协议中约定了合作方式，双方共同投资、共享利润、共担风险，因而案涉合作协议性质应为合作开发房地产合同；签订合作协议时案涉土地未依法取得使用权的状况双方明知，案涉合作协议应为附条件的房地产合作开发合同，该合同系双方当事人的真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，应为有效合同。随后，一审法院判决：（1）乙公司给付甲公司土地款2000万元及利息；（2）驳回乙公司的反诉请求。乙公司不服，以其取得的不动产权证书载明为首次登记而非转移登记、案涉合作开发协议涉嫌违法买卖土地应当认定无效等为由，提起上诉。二审法院判决维持原判，驳回上诉。乙公司仍不服，申请再审。

我国《土地管理法》《城市房地产管理法》等法律对土地出让主体、出让程序和出让条件作出了明确规定，各级政府及主管部门应当严格遵守。但是，在现实生活中，各地在招商引资协议中将未达到出让条件的土地先行“出让”，同时在有关协议中约定用地优惠条件和补办手续步骤等，导致部分土地征收和出让时已存在实际用地者，供地程序只是处理既成事实的形式。对于此类招商引资协议、土地合作开发协议等是否具有法律效力问题，实践中有不同认识。

一种观点认为，国有土地使用权出让主体是法定的，园区管委会、乡镇政府、村委会等非法定主体超越职权订立的协议应属无效；市县人民政府及自然资源主管部门等法定主体未按照法定程序和条件公开公正出让土地的，属于违法用地，有关协议应当认定无效；实际用地者未经批准办理用地手续并予以登记，便与他人订立土地转让协议或合作开发协议，约定土地出让有关内容的，违反了土地管理法律政策规定，应当认定无效。本案中乙公司即持上述观点。

另一种观点则认为，对于合同无效的认定应当按照《民法典》第153条等规定从严把握，从维护管理秩序和保护财产权角度来看，不宜全面否定招商引资协议及合作开发协议的法律效力。在无法办理后续土地出让手续情形下，可认定协议中有关土地出让条款的约定无效，而对于已按程序办理出让手续的情形，则应当维持有关协议的效力。司法实践中大多数持后一观点，最高人民法院在有关判例中也明确了合同有效部分条款无效的规则。本案一审、二审和再审法院也认同该观点。

首次登记是不动产权利的第一次登记，通过招拍挂方式出让的国有建设用地受让人持土地出让合同等办理首次登记后，国有建设用地使用权便正式设立。国有建设用地使用权的转让、合作开发等都应以此为基础，而非相反。严格意义上讲，在土地出让前，市县政府应当通过收购储备、国有土地使用权收回、集体土地征收等方式消灭拟出让土地上的已有权利，使其达到“净地”状态。但是，实践中不规范的招商引资协议、合作开发协议等涵盖了土地出让及出让后土地利用等内容，在协议有效的情况下产生一种权利通过该协议“转移”的表象，让整个土地招拍挂出让和首次登记失去了制度本身的意义，造成了合同主体与法律关系的交叉混乱，在此情形下，首次登记并不能当然地排斥当事人在招商引资协议和合作开发协议中约定的债权债务关系。

本案再审法院经审查认为，双方在订立使用协议时对案涉土地未取得国有土地使用权均知悉，并对如何运作取得土地使用权作出了明确约定；甲公司付出开发成本、帮助乙公司取得土地使用权，双方自愿通过案涉合作协议的方式就对价作出约定，并不违反法律规定。随后裁定驳回乙公司的再审申请。

本案处理从公平合理、诚实信用和照顾现实原则考虑无可厚非，以双方当事人明知为由认定案涉合作协议为附条件的房地产合作开发合同也符合法理逻辑。但是，案涉合作协议无论认定为土地转让合同还是合作开发合同，其前提都应是一方拥有土地使用权，从不动产权利设立、转移和灭失的角度看，这是本案处理的一个缺憾，反映出供地环节不规范带来的隐患。